Με επιστολή τους προς τον τέως υφυπουργό Εθνικής Παιδείας και Θρησκευμάτων η ελληνική Μασονική Στοά ζήτησε πριν από ένα χρόνο περίπου να αφαιρεθούν τα κεφάλαια περί Μασονίας από το νέο βιβλίο των Θρησκευτικών της Α' Λυκείου. Πράγματι ενώ στην προκήρυξη είχε συμπεριληφθεί το ανωτέρω κεφάλαιο και αναμενόταν η εκτύπωση του βιβλίου, άγνωστο πως, στην εκτύπωση δεν περιλαμβανόταν το κεφάλαιο περί Μασονίας. Η αντίδραση του Αρχιεπισκόπου Αθηνών Χριστοδούλου και της Ιεράς Συνόδου ήταν άμεση. Με δύο επιστολές προς τον υπουργό αλλά και με προφορική παρέμβαση ο κ. Χριστόδουλος υποστήριξε πως η ενέργεια αυτή του υπουργείου είναι παράνομη.
Στην συνέχεια αποκαλύφθηκε πως η απάλειψη των κεφαλαίων από το βιβλίο των θρησκευτικών οφείλεται στην παρέμβαση της Μασονίας στην Ελλάδα. "Μας διεμηνύθη βεβαίως η απόφαση του Υπουργείου να μη εκτυπωθή επί του παρόντος το νέο εγκριθέν βιβλίο που περιέχει τα επίδικα κεφάλαια, αλλά να εξακολουθήσει και για το επόμενο έτος να διδάσκεται το υπό αντικατάσταση παλαιό βιβλίο, στο οποίο δεν υπάρχει το κεφάλαιο αυτό. Αντετάξαμε την ένσταση ότι πρόκειται περί παρελκυστικής τακτικής που δεν αντιμετωπίζει το ζήτημα.
Τελικά στις 23-8-99 ο κ. Ι. Ανθόπουλος, υφυπουργός Εθνικής Παιδείας και Θρησκευμάτων μας ανήγγειλεν ότι το υπουργείο τελικά απεφάσισε να εκτυπωθή το νέο βιβλίο με το επίδικο κεφάλαιο ή αν τούτο δεν γίνη εγκαίρως να εκτυπωθή το κεφάλαιο αυτό και να τοποθετηθή ως ένθετο στο εν χρήσει βιβλίο.
Επί τη ευκαιρία παρακαλούμεν να γνωρίζετε ότι οι υπάρχουσες παντού αντίθεες και αντιχριστιανικές δυνάμεις δρουν υπομονετικά με σύστημα και οργάνωση, σε σημείο που πολλές φορές δεν λαμβάνομε γνώση των κινήσεων των. Έχουν ατυχώς τη δύναμη να προωθούν και νομοθετικές ακόμη ρυθμίσεις υπέρ αυτών και σε βάρος της Εκκλησίας και των παραδόσεων του Έθνους χωρίς να δυνάμεθα εγκαίρως να αντιδράσουμε. Προ αυτού του κινδύνου ωρίσαμε Συνοδικώς διμελή επιτροπή στην οποίαν αναθέσαμε το καθήκον να παρακολουθεί το νομοθετικό έργο της Βουλής και να λαμβάνει εγκαίρως γνώση των υπόπτων κινήσεων των ενδιαφερομένων για ψήφιση τυχόν νόμων ή διατάξεων τροπολογιών κ.λ.π που μας ενδιαφέρουν.
Το έργο αυτό είναι πολύ δύσκολο, διότι πολλές τέτοιες διατάξεις "περνούν" την τελευταία στιγμή ως τροπολογίες σε άσχετα προς την Εκκλησία νομοθετήματα, και δεν είναι δυνατόν όλα να τα προλαμβάνουμε."
Τα ανωτέρω αποτελούν χαρακτηριστικό απόσπασμα από την ομιλία του Αρχιεπισκόπου προς τους Μητροπολίτες κατά την τακτική συνεδρίαση της Ιεραρχίας του περασμένου Οκτωβρίου.
